Unakıtan 2002 yılında 58. Hükümette Maliye Bakanlığı'na getirildi. Unakıtan, dönemin Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan'ın Özelleştirme İdaresi Başkanlığını Başbakan Yardımcısı Abdüllatif Şener'den alarak, kendisine bağlamasıyla özelleştirmenin de patronu oldu.
2007'de AK Parti'den Eskişehir milletvekili seçilen Unakıtan, 60. hükümette de Maliye Bakanı olarak görev aldı ancak 1 Mayıs 2009 tarihinde yapılan kabine değişikliği sonucu bu görevi Mehmet Şimşek'e devretti ve kendisi kabine dışında kaldı.
Kemal Unakıtan, son yıllarda kalbi ve böbreğiyle ilgili sağlık sorunları yaşadı. 2009 yılında ABD'de Cleveland Clinic'te by-pass operasyonu geçirdi. 2013 yılında Akdeniz Üniversitesi Hastanesi'nde böbrek nakli oldu.