Duruşma savcısı olarak görev yapan Zafer Koç, Ergenekon davası hükümlüsü Başbuğ'un tahliyesi edilmesi yönünde mütalaa verdi.
Başbuğ'un avukatı İlkay Sezer, 31 Aralık 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne tahliye dilekçesi sunmuştu.
Ancak İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, tahliye talebini "5 Ağustos 2013'te kovuşturma sona ermiştir. Biz bu konuda karar veremeyiz. Yeniden karar verilmesine yer olmadığına" diyerek reddetti. Bu karara itiraz üzerine ise dosya İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Savcı Zafer Koç'un 'tahliye' yönündeki mütalaasının ardından son kararı İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi heyeti verecek.